De naam verwijst naar de Waddenzee, omdat de gemeente in een hoek bij de Waddenzee ligt.[6] Eerder gebruikten de ambtelijke organisaties de werknaam Westergo, maar na de tweede stemronde werd de naam Waadhoeke verkozen boven Franeker en Nij-Westergo
De gemeente Waadhoeke bestaat uit 41 officiële kernen, met Franeker als hoofdplaats.